Bilmek istediğin her şeye ulaş

DNA

Deoksiribonükleik asit veya kısaca DNA, tüm organizmalar ve bazı virüslerin canlılık işlevleri ve biyolojik gelişmeleri için gerekli olan genetik talimatları taşıyan bir nükleik asittir. DNA'nın başlıca rolü bilginin uzun süreli saklanmasıdır. Protein ve RNA gibi hücrenin diğer bileşenlerinin inşası için gerekli olan bilgileri içermesinden dolayı DNA; bir kalıp, şablon veya reçeteye benzetilir. Bu genetik bilgileri içeren DNA parçaları gen olarak adlandırılır. Ama başka DNA dizilerinin yapısal işlevleri vardır (kromozomların şeklini belirlemek gibi), diğerleri ise bu genetik bilginin ne şekilde (hangi hücrelerde, hangi şartlarda) kullanılacağının düzenlenmesine yararlar. Kimyasal olarak DNA, nükleotit olarak adlandırılan basit birimlerden oluşan iki uzun polimerden oluşur. Bu polimerlerin omurgaları, ester bağları ile birbirine bağlanmış şeker ve fosfat gruplarından meydana gelir. Bu iki iplik birbirlerine ters yönde uzanırlar. Her bir şeker grubuna baz olarak adlandırılan dört tip molekülden biri bağlıdır. DNA'nın omurgası boyunca bu bazların oluşturduğu dizi, genetik bilgiyi kodlar. Protein sentezi sırasında bu bilgi, genetik kod aracılığıyla okununca proteinlerin amino asit dizisini belirler. Bu süreç sırasında DNA'daki bilgi, DNA'ya benzer yapıya sahip başka bir nükleik asit olan RNA'ya kopyalanır. Bu işleme transkripsiyon denir. Hücrelerde DNA, kromozom olarak adlandırılan yapıların içinde yer alır. Hücre bölünmesinden evvel kromozomlar eşlenir, bu sırada DNA ikileşmesi gerçekleşir. Ökaryot canlılar (yani hayvan, bitki, mantar ve protistalar) DNA'larını hücre çekirdeği içinde bulundururken prokaryot canlılarda (yani bakteri ve arkelerde) DNA, hücre sitoplazmasında yer alır. Kromozomlarda bulunan kromatin proteinleri (histonlar gibi) DNA'yı sıkıştırıp organize ederler. Bu sıkışık yapılar DNA ile diğer proteinler arasındaki etkileşimleri düzenleyerek DNA'nın hangi kısımlarının okunacağını kontrol eder.

Mart 2016

Gökhan Biçer  yeni bir  gönderide  bulundu.

Vietnamlı İkizlerin Babaları Farklı Çıktı Haberi ve Son Dakika Haberler Mynet

Vietnamlı İkizlerin Babaları Farklı Çıktı haberi ve daha fazla haberler için hemen tıklayın! En güncel haberler ve son dakika haberleri Mynet Haber'de!
Nisan 2014

Şaman, bir soruya yanıt verdi.

İnsanın saçlarının kıvırcık veya düz olması nasıl belirleniyor ve neye göre oluyor?

Avrupalıların %45'inin saçları düz iken %40 dalgalı ve %15'i ise kıvırcık saçlara sahip. Önceki araştırmalar kıvırcık saçlı olmanın %90 oranında aile mirası olduğunu göstermişti. Avustralyalı bilim adamlarının yaptığı son araştırmaya göre "trichohyalin" isimli gen kıvırcık saçların nedeni olarak belirlendi. Bu genin varlığı 20 yıl önce keşfedilmişti. Söz konusu gen saç köklerinin gelişiminde önemli bir rol oynuyor.

Araştırmanın başındaki isim Dr. Nick Martin, bu genin çeşitliliğinin kıvırcık saçların nedeni olduğunu belirtiyor.

Asya'da da saçların kökeni hakkında geniş çaplı araştırmalar yürütülüyor. Japon bilim adamları gür ve düz saçlara sebep olan genleri tanımladılar. Bu araştırmada ise Avustralyalı bilim adamları 30 yıllık süreç boyunca inceledikleri 5,000 ikizin genlerini incelediler.

Bazı durumlarda doğumda kıvırcık saçlara sahip kişilerin ileriki yaşlarda saçlarının düzleşebildiği görülüyor.

kaynak: milliyet.com.tr/neden-bazilarinin-saclar... .
Mayıs 2013

Batuhan Bulut, bir soruya yanıt verdi.

DNA'larımız kullanılarak yüz şeklimizin modellenmesi mümkün müdür?

DNA'lar insanın yüz şeklini belirlemektedir. Buna yönelik araştırmalar ancak yeni yeni sonuç vermeye başlamıştır. Çalışmalar sonucu DNA'da yüz şeklini oluşturan 5 adet gen bulundu. Erasmus Üniversitesi Tıp Merkezi'nden Manfred Kayser şöyle bildirdi: 'Bu son bulgular insan yüzünün morfolojik yapısıyla ilgili çok önemli gelişmelerdir. Bu teknolojiyle ileride bir insanın sadece DNA'sını kullanarak görsel profili oluşturulabilecektir'. Bu teknoloji adli vakalarda çok işe yarayabilir. PRDM16, PAX3, TP63, C5orf50, ve COL17A1 olarak bilinen genler araştırmanın henüz küçük bir kısmı. İleride bu teknolojinin geliştirilmesi planlanıyor. Gelişmeler yüz şeklinin modellenmesi hakkında daha net bilgiler verebileceklerdir.DNA
Mayıs 2013

Devrim Güren, bir soruya yanıt verdi.

Dna haritasının çözülmesiyle neler yapılabilir?

Önemli bir kilometre taşı olmakla birlikte, bunun işlevinin tam olarak anlaşılabilmesi sandığımızdan daha uzun zaman alacaktır. Çünkü ortaya çıkacak bilgiler, işlenmesi gereken “ham” bilgiler olacaktır. Bunların işlenmesi, yani hangi genlerin hangi kalıtsal özelliklerle ya da hastalıklarla ilişkili olduğunu bulma işi genin ifadesinin (protein sentezi) anlaşılmasıyla mümkün olacaktır. Buda daha uzun ve komplike çalışmaları içeren bir süreci kapsamaktadır. Bununla birlikte şimdi elde edilen veri tabanıyla bile birçok hastalığın (Nörofibromatozis Tip1 ve Marfan Sendromu2) kromozomlar üzerindeki yerleşimi ve dizisi saptanmıştır. Yani genomik tıp birçok hastalığın tanı ve tedavisine umut getirecektir.

DNA haritasını çözen GENOM projesiyle alzheimer ve bazı kanser türlerinin tedavisinde, şimdiden bazı ilerlemeler sağlandığı biliniyor. Önümüzdeki birkaç yıl içinde yeni tedavi yöntemleri ve ilaçların dünyanın çeşitli yerlerindeki araştırmacılar tarafından ortaya çıkarılması söz konusu olabilecek. Ancak kalp hastalığı gibi, hem genetik hem de çevresel nedenleri bulunan hastalıklar için daha uzun yıllar beklenmesi gerekecek. Son verilere göre ise
gen projesi, şeker hastalığı ve kanser gibi hastalıkların yanı sıra uyuşturucu bağımlılığı ve akıl sağlığı bozukluklarının da tedavisinde yeni bir çığır açacak.
Mayıs 2013

Ece Naz Sonat, bir soruya yanıt verdi.

DNA testi nedir? Nerelerde kullanılır?

DNA, canlıların oluşması ve her işlevini görmesini sağlayan genetik programdır. Genleri taşıyan kromozomlar DNA ile kodlanır. Kullanım alanları:

  • Nesep tayini
  • Kimlik belirleme
  • Hastalık teşhisi
  • Hastalık tedavisi
Mayıs 2013

Devrim Güren, bir soruya yanıt verdi.

DNA ve RNA arasındaki fark nedir?

  • DNA yapı taşında deoksiriboz şekeri bulundururken RNA riboz şekeri bulundurur.
  • DNA çift zincirli ve uzun, RNA tek zincirli ve daha kısa yapıya sahiptir.
  • DNA'da timin bazı vardır. RNA'da bunun yerine ürasil yer alır.
  • DNA'nın şeker moleküllerinde oksijen bulunmaması, yani DNA'nın deoksiriboz şeker yapısına sahip olması, onu RNA'dan daha kararlı bir molekül haline getirir. RNA fazladan bir hidroksil bulundurduğu için daha çabuk tepkimeye girer ve bu yüzden DNA'dan daha az kararlıdır.
  • DNA yönetici moleküldür. Çekirdek, mitokondri, kloroplast ve prokaryot hücrelerin sitoplazmalarında yer alırken RNA sitoplazma, çekirdek ve hücre organellerinde bulunur.
Nisan 2013

Tuğba Çam, bir soruya yanıt verdi.

Tekrarlayan Dna dizilimlerinin önemi nedir?

Bütün insanlarda nükleotit diziliminin %99.9'u aynıdır. DNA'mızda belli aralıklarla tekrarlayan ve protein senteziyle alakası olmayan bölümler vardır ve bu bölümlerin sayısı kişiden kişiye değişir. Bu DNA bölümleri de bizim "DNA parmak izimizi" oluşturur. DNA parmak izi bize özel ve hepimizde farklıdır.

Peki DNA'daki nükleotitlerin dizilişini bilmek ne işimize yarıyor? DNA parmak izi tek yumurta ikizleri hariç herkeste farklı olduğu için babalık davalarında, saf ırk araştırmalarında ve özellikle kriminal vakalarda kullanılır. DNA örnekleri; bir damla kandan, spermden, saç teli dibindeki çok küçük dokulardan, hatta yıllar öncesine ait mumya ve fosillerden elde edilebilir.
Şubat 2013

Halil Ertekin  yeni bir  gönderide  bulundu.

DNA baz sıralarının saptanması

Prof. Dr. Mustafa Arda
Ankara Üniversitesi Veteriner Fakültesi
Temel Mikrobiyoloji 1
01. Genel Bilgiler
02. Maxam-Gilbert Yöntemi (Kimyasal Metod)
03. Sanger Yöntemi (Enzimik Metod)
01. Genel Bilgiler
Prokaryotik organizmaların (bakteri), faj, virus ve plasmidlerin DNA'larında bulunan nukleotid sekanslarının belirlenmesinde başlıca iki klasik yöntem önderlik etmiştir. Bunlardan biri, Frederick Sanger (1975) tarafından geliştirilen ve dideoksinukleotid olarak adlandırılan tekniktir (enzimik metod). Bu metotla, Sanger, küçük DNA fajlarından olan øX174 fajının 5386 baz çiftinden (bp) oluşan genomunun nukleotid sıralarını saptamıştır (sequencing).
Baz sıralarını saptamada diğer bir metod da A.M.Maxam ve W.Gilbert'e (1977) aittir (kimyasal metod). Bu araştırıcılar da SV40 virusunun baz sekanslarını belirlemişlerdir (5226 bp). Greg Sutcliffe (1979), Gilbert'in laboratuvarında aynı tekniği uygulayarak pBR322 plasmidinin baz sıralarını tespit etmiştir (4362 bp).
Artık, bu gün, DNA baz sıralarının saptanması, geliştirilen yeni aletler yardımıyla otomatik olarak kolay, doğru ve kısa bir süre için de (bir günde binlerce baz) yapılabilmektedir (automatic DNA sequencing).
Aşağıdaki bu iki temel yöntemin genel prensipleri hakkında çok kısa bilgi verilmektedir. Ancak, bu iki metotta da sonraları yapılan bazı değişikliklerle yenilikler kazandırılmıştır. Pratikte en fazla enzimik yöntem kullanılmamaktadır.
02. Maxam-Gilbert Yöntemi (Kimyasal Metod)
Aşağıda, kısa bir DNA segmentinin baz sıralarının saptanması örnek olarak verilecektir.
1) Baz sıraları saptanması istenen DNA, spesifik restriksiyon endonukleaz (Örn., EcoRI) ile kesilerek değişik boylarda çift iplikçikli DNA fragmentleri elde edilir.
Maxam-Gilbert yöntemi ile DNA baz sıralarının saptanması yandaki şekilde gösterilmektedir.
DNA
2) Bu DNA segmentleri, 3'-uçlarından radyoaktif bir madde olan 32P ile işaretlenirler.
3) Radyoktif fosforla işaretli olan bu çift iplikçikler çeşitli yöntemlerle (ısı, NaOH, vs.) denatüre edilerek tek iplikçikli hale getirilirler.
4) Bu denatüre süspansiyon, 4 eşit kısma ayrılarak tüplere taksim edilirler.
5) Tüplerin her birine, çok kontrollü miktar ve süre de spesifik bazları parçalayan bazı kimyasal maddeler (dimetil sulfat, hidrazin, formik asit, piperidin, vs.) katılarak etkilemeleri sağlanır. Bu maddeler, bir DNA segmentinde sadece bir tür baza etkileyecek tarzda ayarlanmışlardır. Şöyle ki,
a) Birinci tüpteki işaretli ve tek iplikçik DNA fragment süspansiyonuna guaninine (G) etkileyen dimetil sülfat (DMS) katıldığını düşünelim. Bu madde bir segmentte bulunan guaninlerden birine etkileyecek diğerleri ise sağlam kalacaktır.
b) İkinci tüpe hem guanin ve hem de adenine (A) etkileyen kimyasal maddeler katılır ve reaksiyonunun sağlanması beklenir. Reaksiyonunun sonunda DNA segmentlerindeki hem guanin ve hem de adenin bazları parçalanır.
c) Üçüncü tüpe sadece timine (T) etkileyen madde katılır. Bu baz parçalanır.
d) Dördüncü tüpe ise hem timin ve hem de sitozine (C) etkileyen maddeler katılarak reaksiyona bırakılır. Bu tüpte timin ile sitozin bazları parçalanır.

6) Bu 4 tüpte reaksiyonların sonunda çok değişik boylarda DNA segmentleri meydana gelecektir. Ancak, bunların içinde uçları 32P ile işaretlenmiş olanlar önemlidir.
a) Birinci tüpte değişik boyda ve sadece G-bazlarından kesilmiş segmentler bulunacaktır,
b) İkinci tüpte, hem DE G ve hem de A bazlarından kesilmiş fragmentler vardır.
c)Üçüncü tüpte,sadece T-bazlarından kesilmiş fragmentler bulunur.
d) Dördüncü tüpte de, hem T- ve hem C bazlarından kesilmiş DNA segmentleri vardır.
7) Bu tüpler ayrı ayrı agarose gel elektroforezise (veya poliakrilamid gel elektroforezis, PAGE) tabi tutularak, elektriksel ortamda, boylarına göre (molekül ağırlıklarına göre) büyükten küçüğe doğru bir seperasyona tabi tutulurlar. Jel üzerinde, büyük segmentler baş tarafta ve küçük segmentler de karşı uç da yer alacaklardır.
8) Bu jel üzerine, X-ışınlarına duyarlı bir film yerleştirilerek, radyoaktivitenin (32P) filme etkilenmesi sağlanır. Filmlerin geliştirilmesi sonunda, radyoaktif fosforun etkilediği yerler siyah lekeler (bantlar) halinde ortaya çıkarlar (otoradyografi).
9) Dört tüp için elde edilen bantlar birbirleriyle karşılaştırılır ve değerlendirilmesi yapılır. Bu değerlendirme tüplere göre aşağıda gösterilmiştir.
a) 1.tüpe ait sütunda, 3 tane G bandı,
b) 2. tüpe ait sütunda, 3 tana G bandı ve 3 tane de A bandı (toplam 6 bant),
c) 3. tüpe ait sütunda, 2 tane T bantı,
d) 4. tüpe ait sütunda, 2 tane T bantı ve 2 tane de C bandı bulunacaktır (toplam 4 bant).
Yukarıda belirtildiği tarzda, incelenmeye alınan DNA segmentinin baz sıraları, yukarıdan aşağı veya aşağıdan yukarı doğru bantlar birbirleriyle karşılaştırılarak, şekilde belirtildiği gibi, saptanır.
03. Sanger Yöntemi (Enzimik Metod)
Sanger metodunun esasını spesifik zincir terminatörleri olan 4 tür 2,-3-dideoksinukleotidlerin (ddATP, ddGTP, ddCTP, ddTTP) çok kontrollü miktarlarda ve sürelerde kullanılması oluşturmaktadır. Bu maddelerin yapılarında bulunan, deoksiribozlarda 2. ve 3. pozisyonlardaki OH moleküllerindeki oksijenlerin olmaması, sadece H'nin bulunması, sentez sırasında, bu maddelerin sıraya girmesi durumunda, polimerizasyonu durdurmaktadır. Çünkü, bunlar yandaki moleküllerle fosfodiester bağları kuramamaktadırlar.
Bu yöntemde, test ortamında, 4 tür ddNTP, DNA polimeraz I (klenow fragmenti), 4 tür DNTP (dATP, dGTP, dCTP, dTTP: bu nukleotidler polimerizasyon için gereklidirler) yanı sıra, ayrıca, baz sırası tayini yapılacak olan kısa tek iplikçik DNA segmenti (kalıp sekans) ve bunun 3'-ucundaki DNA bazlarına komplementer olan ve 32P ile 5'-uçlarından işaretlenmiş çok kısa (4 bazlık) primer DNA segmentleri de bulundurulur. Bu primer DNA fragmentlerı, polimeraz I enziminin sentezi için basamak oluştururlar.
Sanger yöntemi ile DNA sıralarının belirlenmesi yandaki şekilde gösterilmektedir.
DNA
Bu teknikle baz sıralarının tayini kısaca aşağıda açıklanmıştır.
1) Baz sırası saptanacak olan DNA, spesifik restriksiyon endonukleazlardan biri ile (Örn., EcoRI gibi) kesilerek değişik boylarda DNA segmentleri elde edilir.
2) Bu segmentler ısı (veya 0.5 N NaOH) ile denatüre edilerek tek iplikcikli hale getirilirler.
3) Denatüre edilen segmentler 4 eşit kısma ayrılarak tüplere taksim edilirler.
4) Kısa DNA primerleri (5'-uçlarından 32P ile işaretlenmiş) test ortamına ilave edilir. Bu primerler, baz sırası tayini yapılacak olan DNA segmentlerinin 3'-uçlarındaki 4 bazın komplementeri olduklarından bunlarla çok çabuk birleşirler.
5) Tüplerin her birine, primerlerin yanı sıra, yeterli miktarda ve polimerizasyonda kullanılacak olan 4 tür (normal) deoksinukleotid trifosfat, polimeraz I enzimi (klenow fragmenti) ile her tüpe ayrı tür ddNTP konur.
Primer DNA segmentleri, tayini yapılacak DNA segmentinin 3'-ucundaki 4 nukleotide bağlanınca, polimeraz I enzimi, ortamdaki deoksinukleotid trifosfatları (DNA segmentini kalıp olarak kullanarak) primerlerin 3' -OH ucuna yerleştirerek zincirin büyümesini sağlar. Ancak, sıraya ortamdaki spesifik dideoksinukleotid trifosfatların girmesi halinde sentez durur ve sonlanır.
1. tüpte: Bu tüpe ddGTP konulmuş olsun: Tüpte polimerizasyon sırasında, baz sırası belirlenecek olan hedef DNA segmentinde sitozinin (C) sırada bulunduğu durumda, polimerase enzimi bunun karşısına guanini (G) getirerek primerin 3'-OH ucuna ilave etmesi gerekecektir. Ortamda, normal guanosin trifosfatlar (dGTP) yanı sıra, dideoksinukleotid guanosin trifosfatlar (ddGTP) da bulunmaktadır. Eğer, polimerase enzimi ddGTP'ı, normal dGTP yerine, sıraya koyarsa, sentez bu aşamadan sonra daha ileri gidemez ve sonlanır.
2. tüpte: Bu tüpe ddATP konulmuş olsun: Bu durumda, polimerizasyon sırasında, enzim, DNA segmentinde Timinin (T) sırada olduğu durumda, primerin 3'-OH ucuna Adenini (A) ilave etmesi gerekir. Eğer enzim, ddATP'ı primerin ucuna katarsa, buradan itibaren sentez durur.
3. tüpte: Bu tüpe ddCTP konulduğunda, bu madde sentez sırasında DNA'daki adenin karşısında sıraya girerek sentezi durdurur.
4. tüpte: Bu tüpe de ddTTP konulduğundan, sentez sırasında DNA'daki adenin karşısında bu ddTTP gireceğinden sentez sona erecek ve değişik boylarda segmentler oluşacaktır.
Bundan sonra, 4 tüp ayrı ayrı agarose gel elektroforeze tabi tutularak segmentler boylarına göre, bir seperasyona tabi tutulurlar. Sonra bunlar otoradyografi ile belirgin siyah bantlar haline getirilir ve aynen Maxam-Gilbert yönteminde olduğu gibi karşılaştırılarak baz sıraları saptanmaya çalışılır.
Baz sıralarının saptanması şeklinde izah edildiği tarzda yapılır.
Son yıllarda geliştirilen yeni tekniklerle (automated DNA sequencer) otomatik olarak DNA baz sıraları tayini (sequencing) yapılabilmektedir.
[1] Kaynak : Temel Mikrobiyoloji
Şubat 2013

Halil Ertekin  yeni bir  gönderide  bulundu.

Sanger Yönetimi

Sarah Obenrader tarafından
_____________________________________________
Bu web sayfası Davidson College'da bir lisans dersi için bir ödev olarak üretilmiştir.


Temel Bilgiler
Nükleotidlerin sırası: hepsinin en temel bilgileri bize sağladığı için DNA dizi bize DNA'nın ayrıntılı bir analiz gerçekleştirmesini sağlar.
Bu bilgi ile, örneğin, biz, düzenleyici ve gen dizileri bulabilir türler arasında homolog genleri arasında karşılaştırmalar yapmak ve mutasyonlar tespit.
Bilim adamları bu potansiyel çok güçlü bir araç olabileceğini kabul ve böylece dizisi DNA yaptığınız bir yöntem oluşturmak için bir rekabet vardı.
Ardından 1974 yılında, iki yöntem bağımsız tam olarak bunu yapmak için bir Amerikan ekibi ve bir İngiliz ekip tarafından geliştirilmiştir.
Sanger, İngilizce, kurşun, DNA replikasyonu doğal sürecine benzer bir prosedür olarak tasarlanmış iken Amerikalılar, Maxam ve Gilbert tarafından kurşun bir "kimyasal bölünme protokolü" kullanılmıştır.
Her iki takım 1980 Nobel Ödülü'nü paylaştı rağmen, Sanger metodu nedeniyle pratiklik (Hız, 1992) standart oldu.
Ayrıca dideoksi dizileme veya zincir sonlandırma olarak ifade edilir Sanger yöntemi, bir kullanımına dayanmaktadır
dideoksinükleotidleri
normal ek olarak (ddNTP) 'ın
nükleotid
DNA bulunan (NTP).
Bunun yerine, bir hidroksil grubunun 3 'karbon (OH) üzerinde, bir hidrojen grubu ihtiva dışında dideoksinükleotidleri esasen nükleotidleri ile aynıdır.
Bu modifiye edilmiş nükleotidler, bir dizi içine entegre olduğunda, daha fazla nükleotidlerin eklenmesi önler.
(Hız, 1992). Bu, bir fosfodiester bağı dideoksinükleotid ve bir sonraki gelen nükleotid arasında oluşması için oluşur, ve bu nedenle DNA zincir sona erdirilir.

Yöntem
DNA dizilimini edilebilir önce, ısı kullanılarak tek iplikçikler halinde denatüre olmak zorundadır.
Sonraki bir astar şablon ipliklerinin biri ile tavlanmış edilir.
Bu primer, özellikle onun 3 'ucuna ilgi DNA sekansı yanında yer alır ve böylece inşa edilmiştir.
Bu astar ya da nükleotidlerin bir ya da radyoaktif olarak ya da floresan nihai ürün (Russell, 2002) bir jel üzerinde tespit edilebilir ki böylece etiketlenmesi gerekir.
Astar DNA bağlı sonra, çözelti "G", "A", "T" ve "C" etiketli dört tüp içine bölünmüştür.
Daha sonra aşağıdaki gibi reaktifler bu örneğe ilave edilir:

"G" boru:
dört dNTP sitesi,
ddGTP
ve DNA polimeraz

"A" tüp:
dört dNTP sitesi,
ddATP
ve DNA polimeraz

"T" tüpünün:
dört dNTP sitesi,
ddTTP
ve DNA polimeraz

"C" boru:
dört dNTP sitesi,
ddCTP
ve DNA polimeraz
Yukarıda gösterildiği gibi, tüplerin her biri, normal öncüleri-hundreth yaklaşık konsantrasyon (Russell, 2002) farklı bir ddNTP mevcut ve her içerir.
DNA sentezi gibi, nükleotidler DNA polimeraz ile büyüyen zinciri için eklenir.
Bununla birlikte, zaman zaman, bir dideoksinükleotid normal bir nükleotid yerine zincir içine dahil edilmiştir, ki bir zincir-sonlandırma olay sonucunu verir.
Biz sadece baktı Örneğin

"G" tüp
, biz aşağıdaki ürünleri bir arada bulabilirsiniz:
Genetik
Şekil 1:
"G" tüp içinde üretilmiş olabilir potansiyel parçalarının bir örnek.
Parçaları ddGTP nin (Metzenberg) arasında rasgele entegrasyon nedeniyle tüm uzunlukları farklıdır.
Bu yöntem için anahtar, tüm reaksiyonlar, belirli bir baz ile aynı nükleotid ve uçtan başlamak olmasıdır.
Bu nedenle DNA aynı zincir tekrar tekrar sentezlenmiş olan bir çözelti içinde, yeni nükleotid zincir çünkü dideoksinükleotidleri bütünleştirilmesi (Russell, 2002) eklenmesi için bir potansiyele sahip bütün pozisyonlarda sona erer.
Bu şekilde, tüm değişik uzunluklarda bant üretilir.
Bu reaksiyon tamamlandıktan sonra, bir kez daha DNA elektroforezi için hazırlık içinde denatüre edilir.
Dört tüplerin her birinin içeriği üzerinde ayrı şeritler halinde çalıştırılır
polyacrylmide jel
birbirinden farklı büyüklükteki grupları ayırmak için.
Içeriği jel boyunca çalıştırıldıktan sonra, jel sonra DNA etiketleme için kullanılan yönteme bağlı olarak, UV ışığı veya X-Ray ya da maruz kalmaktadır.
Genetik

Şekil 2:
Bu, "G" tüp (aynı sekansları Şekil 1 'de görüldüğü gibi) içinde reaksiyonların polyacrylmide jel.
Astar gösterir onların ağır molekül weight.The mavi bölüm nedeniyle DNA uzun parçaları daha küçük parçalara daha kısa mesafelerde seyahat, siyah bölüm yeni sentezlenen iplikçik gösterir ve kırmızı zinciri (Metzenberg) sonlandırılmış bir ddGTP, ifade eder.
Şekil 2'de gösterildiği üzere, daha küçük parçalara zincirleri daha küçüktür ve bu nedenle jel üzerinde daha hızlı göç ederler çünkü ddNTP astar yakın ilave edildiğinde üretilmektedir.
Dört tüplerden reaksiyonların her biri jel, gerçek DNA sekansı kombine edilmesi durumunda yön-3 ', 5 jel üzerinden alt bant deseni okuma ile tespit edilebilir.
Bu dizi baştan şablonu iplikçik tamamlayıcı olduğunu olsa hatırlamak önemlidir.
Genetik

Şekil 3:
Bu, bir dideoksi dizileme jel bir autoradiogram olup.
Şerit üzerinde harfler nükleotid ki şerit ile temsil edilmektedir, örnek olarak kullanıldığı dideoksi gösterir.
Eğer yukarıya doğru okuduğunuzda, okurken
tamamlayıcı
şablonu iplikçik (Metzenberg) dizisi.

Otomatik Sekanslama
Biz 1974 yılından bu yana elde etmiş olduğu teknolojisindeki birçok gelişmeler ile, Sanger metodu eski haline gelmiştir sürpriz değildir.
Bununla birlikte, bu yöntem yerine ortaya çıkan yeni teknoloji Sanger yöntemi, aynı ilkelere dayanmaktadır.
Otomatik sıralama daha fazla DNA daha kısa bir süre içinde sıralı böylece geliştirilmiştir.
Otomatik işlemler ile reaksiyonlar bütün dört ddNTP Kullanıcı, farklı bir renk boya (Russell, 2002) ile etiketlenmiş her ihtiva eden bir tek tüp içinde gerçekleştirilir.
Genetik

Şekil 4:
otomatikleştirilmiş dizileme olarak, oligonükleotid primerleri farklı renk boyalar, her bir ddNTP için tek bir "uç-etiketli" olabilir.
Bu boyalar bir makine (Metzenberg) aracılığıyla okunan farklı dalga boylarında, az floresan.
Sanger metodunda olduğu gibi, DNA, bir jel üzerinde ayrılır, ama dört farklı olanları farklı olarak, hepsinin aynı şerit üzerinde çalıştırılır.
Genetik

Şekil 5:
otomatik dizge içinde boya etiketli DNA jel elektroforez sonuçları.
Jel dört reaksiyonlar gibi tüm DNA tek şeritli (Metzenberg) çalışan bir jel gösteren sağdaki resim aksine farklı şerit, çalıştırmak eğer neye benzediğini sol gösterileri görüntü.
Dört boyalar, farklı dalga boylarında flüorışı yana, bir lazer sonra fluoresces hangi dalga boyuna göre her bir grubun kimliğini belirlemek için jel okur.
Elde edilen sonuçlar daha sonra bir kromatogram şeklinde gösterilmektedir, ki (Russell, 2002) sırayla bu konumda nükleotid karşılık gelen renkli zirvelerin bir diyagramıdır.
Genetik

Şekil 6:
Bir kromatogram şeklinde gösterildiği gibi otomatik bir dizi sonuçları.
Renkleri dört baz temsil: mavi C, yeşil A, siyah G ve kırmızı T (Metzenberg) 'dir.

Referanslar
1.
Russell, Peter.
2002.
iGenetics.
Pearson Education, Inc, San Francisco, pp 187-189.
2.
Metzenberg, Stan.
Sanger Metodu-dideoksinükleotid Zincir Sonlandırma.
csun.edu/(Şubat, 2003) 10.
3.
Hız, Terrence.
Sanger Metodu.
statberkeley.edu/users/terry/classes/s260.1998/week8b/week8b...(Şubat, 2003) 10.
Aralık 2012

Melis Vatansever, bir soruya yanıt verdi.

Tekrarlayan Dna dizilimlerinin önemi nedir?

Tekrarlayan DNA dizileri, genomun replikasyonunu (DNA'nın kopyasının çıkarılması), yavru hücrelere birer kopyasının dağıtılmasını ve kromatinlerin örgütlenmesini mümkün kılan destekleyici sistemlerin inşasında kritik rol oynarlar.
Daha fazla

12 kişi

Konunun Takipçileri

Alt Konu Başlıkları

Henüz bu konu başlığı ile ilgili konular bulunmuyor.